이로부터 130여 년이 지난 정조 6년(1782) 에 다시 화재를 입어 전각이 회록(回祿) 되자 환우 대사(喚愚大師) 가 다시 신궁보전(新宮寶殿) 과 누당(樓堂) 을 중건하였는데, 이를 제3차 중창이라 한다.

그리고 고종 9년(1905) 에는 주지 대운당(大雲堂) 용각 화상(龍覺和尙) 이 극락전을 창건하였다. 그 다음해는 응운 화상(應雲和尙 )이 보광전을 건립하다가 불행히도 완성을 보지 못하고 입적하자 대운 화상이 이를 필역(畢役) 하고, 가야산 동쪽 용기사(龍起寺) 로부터 청동관음보살상을 이안(移安) 하였으나, 1975년경 도난당하고 말았다.

이에 1992년 6월 목조사십이수관음상(木造四十二手觀音像)을 조성하여 봉안하였다.

또한 극락전이 창건되던 그해 겨울에 비구니 유안사(有安師) 가 발원하여 백련암(白蓮庵) 을 창건(1906년) 하였다. 그러다가 6년 후인 1911년 9월 21일 밤 청암사는 다시 화재를 입어 전각이 모두 소실되었다. 이에 대운 대사(大雲大師) 가 화주가 되어 대중을 위로하고 독려하여 그 다음해 봄부터 다시 청암사를 재건하였다. 특히 대운 대사는 중국 강소성(江蘇省) 으로부터 석가상(釋迦像) 을 조성하여 대웅전에 봉안하는 등 전각의 장엄을 완성하였다. 이를 청암사의 제4차 중창이라 한다. 이때의 불사(佛事) 에는 비구니 유안사(有安師) 가 2,000환을 시주하였으며, 그외 서울지방에서의 많은 시주가 있었다. 현재 사중(寺中) 에 있는 극락전만일회동참대시주록(極樂殿萬日會同參大施主錄)의 현판(懸板) 을 보면 상궁(尙宮) 의 인명이 무려 26명에 달하고 있으며, 여타 대소시주록(大小施主錄) 에도 상궁의 인명이 17명이나 보이고 있다.

또한 불명(佛名) 을 지닌 이들만의 별도 설판시주록(設板施主錄) 을 지니고 있는 것으로 보아 조선말기 궁전 내부에서의 불교에 대한 신앙심을 알게 할 뿐만 아니라, 이들이 청암사에 끼친 영항력을 가히 짐작케 한다.

이처럼 산곡에 처한 청암사가 왕실 주변과 밀접한 관계를 지니게 된 데는, 아마도 숙종의 계비 인현황후가 서인으로 있을 당시 이곳의 극락전에 기거하면서 기도드렸던 인연에 기인한 것으로 짐작된다. 현재도 극락전에는 별채의 건물이 있는데, 이는 인현황후를 위하여 건립된 왕실건축 양식이란 말이 있다. 따라서 청암사는 이같은 인현왕후와의 연관으로 인하여 조선시대 말기에도 상궁들이 가끔 이곳에 내려와 신앙생활을 하였던 것으로서 유명하다.

현재의 건물은 대운 화상에 의하여 중창되어 오늘에 이르고 있으며, 일정기(日政期) 에는 불교강원으로서 그 명성을 드날리기도 하였다. 특히 저 유명한 박한영(朴漢永) 강백(講伯) 이 이곳에서 강론하였던 것은 널리 알려져 있다.

당시 학승의 수는 무려 200여 명에 이르렀고, 또한 강고봉(姜高峰) 강백이 가르치던 1975년도까지만 하여도 학인이 40여 명에 달하였다. 그리고 현 주지이자 강주(講主) 인 지형(志炯) 비구니 스님이 1987년 8월 청암사승가대학을 설립하면서 진영각(眞影閣), 육화료(六和寮) 를 보수하고 부속건물인 중현당(重玄堂), 선열당(禪悅堂) 을 1992년에 신축하였으며, 1993년에는 극락전을 중수하니, 이것이 제 5차 중창으로 현재 100여 명의 비구니 스님들이 수행 ·• 정진하는 도량으로 되었다.