경북 구미시 도계면 신곡리 68번지에 위치한 문수사는 그 창건 연대가 미상이나, 사중에 전래하는 탑재(塔材) 등으로 보아 적어도 고려시대에는 사찰이 있었던 것으로 짐작된다. 또한 이곳은본래 납석사(納石寺) 라는 사명으로 전래되었다고 짐작되는 바, 일선지(一善志) 불우조(佛宇條)에 '납석사 재단곡문암북 사후유석굴 곡옥수간(納石寺 在斷谷門巖北 寺後有石窟 谷屋數間)' 이라 한 것이 이곳의 위치와 일치하고 있다.

사중 전래 연혁으로는 조선 고종 2년(1865) 도적의 침입으로 폐사되었다가 수년 후 혜봉 선사(慧峰禪師) 가 중건하였다 한다. 혜봉 선사가 중건할 당시 한 노승이 말을 타고 강림하여 사지(寺址) 를 평정하는 꿈을 얻었는데, 이때의 노승을 문수보살의 화현으로 알고 산 이름을 청량산(淸凉山), 사명을 문수사라 하였다 한다.

현재의 문수사는 1972년 혜향 화상(慧香和尙) 에 의하여 건립되었고, 절의 서북쪽 약 150m 지점에 있는 천연동굴은 길이 약 10m, 높이 약 6m이며, 일찍부터 수도처로서 현재는 20평의 사자암 건물이 있다.

건물은 법당 대웅전과 2동의 요사가 있으며, 대웅전은 정면 7간, 측면 3간의 팔작지붕이며 총 35평이다.